Kjøyabukta ble i 1998 regulert som et naturvernområde, og er et viktig område for mange rødlistede fuglearter. Verneområdet har en naturlig gradering fra bløtbunn, over til strandeng (truet) og saltpåvirket svartorskog (nær truet). Kjøyabukta er viktig å ivareta, fordi dette er ett av få gjenværende områder med denne kombinasjonen av naturtyper i Bunnefjorden og Ås kommune.
I dag er strandengen overgrodd av takrør, som er en naturlig art i Norge, og kan i enkelte områder få gunstige vekstvilkår som gjør at den kan «ta over for andre arter». Mye av årsaken til at Kjøyabukta domineres av takrør, er opphør av bruk av beitedyr og slått. En tilbakeføring til strandeng er mulig dersom takrøret fjernes årlig, enten ved at vegetasjonen brennes eller kappes ned og fjernes.
Vern og skjøtsel i området er viktig slik at de funksjonene og verdiene som Kjøyabukta har opprettholdes.
